Les missions du poste

Dans le cadre des développements actuels sur la plateforme, la mission de l’apprenti aura comme objectif de faciliter l’exploitation des données à la fois pour les équipes de recherches, et pour les ingénieurs de la plateforme, en créant une double interface d’analyse. La première est une interface graphique à destination des équipes afin de générer des figures publiables et personnalisées. Le second objectif est la création d’une interface intégrant cette fois-ci du calcul GPU. En effet, lors d’un précédent stage, la plateforme a montré l’intérêt d’utiliser une solution de calcul GPU pour l’exploitation graphique de données de single-cell RNA-Seq. Les limites temporelles des CPU se font rapidement ressentir lors de la projection en ligne de milliers de cellules, alors que les solutions GPU arrivent à gérer ces demandes.
Description des tâches prévues :
• Appréhension de l’environnement d’une plateforme de prestation de service en bioinformatique, et création d’un script d’analyse de données single-cell RNA-Seq en R.
• Création d’une interface R Shiny pour l’exploitation graphique de résultats d’analyse de données single-cell RNA-Seq en collaboration avec l’experte single-cell de la plateforme et des équipes de recherches pour la mise en place du cahier des charges.
• Adaptation du script d’analyse R en Python, passage de Seurat vers Scanpy et RAPIDS-GPU, en se basant sur les premiers résultats de la plateforme.
Mise en place de l’interface locale pour l’exploitation inférentielle de données issus de cellranger, des contrôles qualités au clustering et intégration. Interface à destination de l’experte de la plateforme uniquement, pour accélérer les étapes d’analyses primaires des prestations de la plateforme.

Description de l'employeur

La plateforme de génomique de l’Institut Cochin produit et analyse des données de génomique dans le cadre de projets de recherche menés pour tout type d'équipe sous forme de prestations de service. Labélisée Ibisa et membre du réseau France Genomique, elle est spécialisée dans les analyses de transcriptome et d’épigénome par séquençage haut débit (RNA-seq, ChIP-seq, ATAC-seq) et met régulièrement en place de nouvelles applications répondant aux besoins des équipes. L'ingénieur bioinformaticien de la plateforme traite les données produites par la plateforme à l'aide de pipelines optimisés afin de fournir aux biologistes des résultats d’analyse interprétables afin de répondre à sa problématique scientifique (liste de gènes, liste de pics etc).

Accueil de l'étudiant-e
L'étudiant-e sera encadré-e par deux ingénieurs de la plateforme (biologiste et bio-informaticien). Les projets que traitera l’étudiant-e s'organiseront autour d'une thématique principale, l'ingénierie de plateforme, à la frontière entre développement informatique et recherche biologique.
L'étudiant-e aura l'occasion de proposer des initiatives et de les développer, tout en profitant d'un environnement de travail où l'interface biologie/informatique fonctionne.

Descriptif du profil recherché

Nous recherchons un étudiant en Master Bioinformatique, ayant des connaissances en langages R, Pyhton, et Unix. Une familiarisation avec les systèmes GPU sera un plus.

Conditions particulières d'exercice

Aucune

Langues

Français et anglais

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Institut Cochin INSERM U1016 UMR8104 Université Paris Cité